最近咨询比较的多的一个问题是：公司设立时，合伙人签订了《股东协议》或者《投资协议》、《投资合作协议》(以下统称股东协议），但公司注册时许多工商登记机关一概要求按章程范本填空。股东之前签订的协议还有法律效力吗？

根据《公司法》第11条的规定，公司章程是公司注册时必须提交的文件，公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。

可见，公司章程是公司注册的必备法律文件、而股东协议是任意性文件，所谓任意性文件，就是对于公司注册来说，可有可无。

但是我们知道，股东协议关乎合伙人之间的能否合作的好，合作的长久、决定公司的稳定和公司战略的实现，是公司非常重要的法律文件。合伙人在决定共同创业时，很多想法是通过股东协议确定下来的，比如持股比例、分红比例、表决权比例这样最基本的权利、再如股东转让的限制性规定、继承权的限制性规定、退出机制等等这样非常重要的事项都会体现在股东协议之中。

所以，股东协议不是可有可无的，而是不可或缺的。这也是我们为什么要在公司设立时，按照公司战略布局合理设计股权结构的根本原因。

我们发现，公司法是大力鼓励股东意思自治的。

比如，《公司法》第34条“股东按照实际出资比例分取红利；公司新增资本时，股东有权优先按照实缴的出资比例认缴出资。但是，全体股东约定不按照出资比例分取红利或者不按照出资比例优先认缴出资的除外。”

本条当中，“但是”之前的内容是公司法的规定，“但是”之后的内容是授权股东按自己的意思约定。也就是说，如果股东之间没有约定，股东分红权和优先认购权的比例按实际出资比例，如果有约定的，就按约定。

这种约定大于法定，就是公司法对股东意思自治的鼓励，你注意到了没有？公司法有很多这样的条款，目的就是授权股东制定个性化的公司章程，让合伙人有更好的合作基础、共同实现创业梦想。

对此自治性的约定，先是约定在股东协议之中，然后在注册时放到公司章程里面，这是股东合法的要求，但是许多工商局却还是怕这怕那，注册时要求填写他们给的章程范本，致使公司章程还是没有摆脱“千人一面”的落后状态。

这种情况下，就产生了公司章程与股东协议二者内容不一致的问题，所说的不一致，要么是股东协议的内容章程中没有，要么是与章程中写的不一样。

这就是创业者最关心的，二者的法律效力问题，也就是说，万一股东在存在不一致的这个问题上出现分歧，该按哪一个办？

我们先来说一下股东协议本身的效力问题。

公司章程受公司法约束，按公司法的规定确定效力。而股东协议属于股东之间的合意，是受《合同法》和《民法总则》约定的，也就是说，股东协议本身的效力由合同法及民法总则认定。

如果体现的是股东之间的真实意思并且不存在合同法及民法总则规定无效情形，就是有效的，如不违反法律强制性规定等。

还有一点在说明的是，股东协议只对签订协议的全体股东生效，而公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员都具有约束力。 

当二者存在不一致时，一般分以下情形处理：

第一、如果股东协议和公司章程中对同一内容都有规定，但内容不一致的，应当以公司章程为准。

第二、如果公司章程中没有规定，但股东协议中有约定，应当按股东协议约定。

但是，司法实践中也存在不同的判决结果。

为了避免在内部纠纷处理上出现分歧，同时为了更好的在诉讼中确定适用依据，股东可以在股东协议及公章程中加上一些条款，对二者的不一致内容问题做一个技术性处理，以保证股东协议在解决纠纷时的优先地位。